憋了1个月总算有了点可做的东西,但一点也不满意

以下是不完全统计用到的数据库

ENCORI 原名Starbase ,预测ceRNA

http://starbase.sysu.edu.cn/index.php

UALCAN 利用TCGA数据库在线分析表达与预后

http://ualcan.path.uab.edu/index.html

Ensembl 用来查看基因

https://uswest.ensembl.org/index.html

miRBase 用来查看miRNA

http://www.mirbase.org/

GO富集

https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/

miRPathDB 用来预测miRNA

https://mpd.bioinf.uni-sb.de/overview.html

Genecards 用来查看基因

https://www.genecards.org/

miRWalk 用来预测miRNA

http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

miRTargetLink 用来预测miRNA

https://ccb-compute.cs.uni-saarland.de/mirtargetlink2/

miRDB 用来寻找miRNA与靶基因

http://mirdb.org/index.html

reactome 通路数据库

https://reactome.org/

TRRUST 转录因子与靶基因预测

https://www.grnpedia.org/trrust/

MalaCards 人类疾病数据库

https://www.malacards.org/

TCIA 和TCGA配套的影像数据库

https://www.cancerimagingarchive.net/

DIANA TOOLS 专注非编码RNA的库

http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php

transmiR 预测miRNA的转录因子

http://www.cuilab.cn/transmir

RMVar RNA修饰的库

https://rmvar.renlab.org/index.html

m6A2Target m6a的库

http://m6a2target.canceromics.org/#/home

JBrowse 看基因的

https://jbrowse.org/jb2/

GEPIA2 利用TCGA数据的库 看表达与预后

http://gepia2.cancer-pku.cn/#general

hTFtarget 构建转录因子与基因之间调控网络(上不去了)

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget

oncolnc 利于TCGA数据看非编码RNA预后

http://www.oncolnc.org

miEAA miRNA富集数据库

https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/

Uniprot 查看蛋白和基因的库

https://www.uniprot.org/

lnCeCell 单细胞层面预测ceRNA的库

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LnCeCell/LnCeCell_index.jsp

targetscan miRNA与靶基因

http://www.targetscan.org

FunRich 已下载,miRNA转录因子预测

circBase 疑似废弃 ,circRNA库

http://www.circbase.org/

miRFA miRNA功能分析

https://emmbor.shinyapps.io/mirfa/

miR-TV 研究miRNA的

http://mirtv.ibms.sinica.edu.tw/index.php

OncomiR 研究miRNA的

http://oncomir.org/oncomir/search_cancer_clin_miR.html

LinkedOmics 泛癌分析?

http://www.linkedomics.org/login.php

STRING PPI的在线库

https://string-db.org/cgi/input?sessionId=bTpMm26qqyJb&input_page_show_search=on

TANRIC lncRNA在线数据库

https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html

TIMER2.0 研究免疫浸润

http://timer.cistrome.org/

dbEDEMC 测miRNA表达的

https://www.biosino.org/dbDEMC/index

FFLtool 预测正反馈及负反馈环的miRNA

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/FFLtool/