憋了1个月总算有了点可做的东西,但一点也不满意
以下是不完全统计用到的数据库
ENCORI 原名Starbase ,预测ceRNA
http://starbase.sysu.edu.cn/index.php
UALCAN 利用TCGA数据库在线分析表达与预后
http://ualcan.path.uab.edu/index.html
Ensembl 用来查看基因
https://uswest.ensembl.org/index.html
miRBase 用来查看miRNA
http://www.mirbase.org/
GO富集
https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
miRPathDB 用来预测miRNA
https://mpd.bioinf.uni-sb.de/overview.html
Genecards 用来查看基因
https://www.genecards.org/
miRWalk 用来预测miRNA
http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
miRTargetLink 用来预测miRNA
https://ccb-compute.cs.uni-saarland.de/mirtargetlink2/
miRDB 用来寻找miRNA与靶基因
http://mirdb.org/index.html
reactome 通路数据库
https://reactome.org/
TRRUST 转录因子与靶基因预测
https://www.grnpedia.org/trrust/
MalaCards 人类疾病数据库
https://www.malacards.org/
TCIA 和TCGA配套的影像数据库
https://www.cancerimagingarchive.net/
DIANA TOOLS 专注非编码RNA的库
http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php
transmiR 预测miRNA的转录因子
http://www.cuilab.cn/transmir
RMVar RNA修饰的库
https://rmvar.renlab.org/index.html
m6A2Target m6a的库
http://m6a2target.canceromics.org/#/home
JBrowse 看基因的
https://jbrowse.org/jb2/
GEPIA2 利用TCGA数据的库 看表达与预后
http://gepia2.cancer-pku.cn/#general
hTFtarget 构建转录因子与基因之间调控网络(上不去了)
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget
oncolnc 利于TCGA数据看非编码RNA预后
http://www.oncolnc.org
miEAA miRNA富集数据库
https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/
Uniprot 查看蛋白和基因的库
https://www.uniprot.org/
lnCeCell 单细胞层面预测ceRNA的库
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LnCeCell/LnCeCell_index.jsp
targetscan miRNA与靶基因
http://www.targetscan.org
FunRich 已下载,miRNA转录因子预测
circBase 疑似废弃 ,circRNA库
http://www.circbase.org/
miRFA miRNA功能分析
https://emmbor.shinyapps.io/mirfa/
miR-TV 研究miRNA的
http://mirtv.ibms.sinica.edu.tw/index.php
OncomiR 研究miRNA的
http://oncomir.org/oncomir/search_cancer_clin_miR.html
LinkedOmics 泛癌分析?
http://www.linkedomics.org/login.php
STRING PPI的在线库
https://string-db.org/cgi/input?sessionId=bTpMm26qqyJb&input_page_show_search=on
TANRIC lncRNA在线数据库
https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html
TIMER2.0 研究免疫浸润
http://timer.cistrome.org/
dbEDEMC 测miRNA表达的
https://www.biosino.org/dbDEMC/index
FFLtool 预测正反馈及负反馈环的miRNA
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/FFLtool/